Кіліан Фішер є вихованцем футбольної академії клубу «Мюнхен 1860», де він в подальшому грав у другому складі в Регіональній лізі.
Влітку 2021 року футболіст приєднався до клубу Другої Бундесліги «Нюрнберг».[1] У клубі він провів один сезон, паралельно з цим граючи за другий склад «Нюрнберга». Влітку 2022 року Фішер перейшов до клубу Бундесліги«Вольфсбург», з яким підписав п'ятирічний контракт.[2] Першу гру у вищому дивізіоні футболіст провів у жовтні 2022 року, коли вийшов на заміну у другому таймі матчу проти «Бохума».