Народився 23 квітня1977 року в місті Хончхон. Займався футболом в столичному університеті Конкук.
У дорослому футболі дебютував 2000 року виступами за команду клубу «Аньян ЕлДжі Чітас», в якій провів три сезони, взявши участь у 77 матчах чемпіонату і став з командою чемпіоном Кореї та володарем національного кубка.
На початку 2003 року перейшов у нідерландський ПСВ, куди його запросив Гус Гіддінк, знайомий з можливостями захисника по спільній роботі у збірній. Відіграв за команду з Ейндговена наступні два з половиною роки своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі ПСВ, був основним гравцем захисту команди і виграв з ейндговенцями два чемпіонські титули, а також по одному кубку і суперкубку Нідерландів.
Влітку 2005 року уклав контракт з англійським «Тоттенгем Готспур», у складі якого провів наступні три роки своєї кар'єри гравця. Перший сезон 2005/06 вийшов неоднозначним як для корейця, так і для «Тоттенгема», який не зміг пробитися в Лігу чемпіонов. Після цього влітку 2006 року лондонський клуб пропонував Лі італійській «Ромі», яка намагалася купити його ще з ПСВ, але кореєць відмовився переїжджати до Італії, пославшись на причини особистого характеру. Протягом наступних сезонів 2006/07 і 2007/08 Лі досить часто виходив на поле, хоча часті травми, а також покупка декількох флангових захисників, серед яких Гарет Бейл і Алан Гаттон, значно ускладнили завдання застовпити за собою місце в основі, проте в останньому сезоні разом з командою виборов титул володаря Кубка англійської ліги.
У сезоні 2008/09 виступав за «Боруссію» (Дортмунд), проте закріпитись в команді не зумів і після цього відправився в саудівський «Аль-Гіляль».
Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Ванкувер Вайткепс» з МЛС, за який виступав протягом 2012—2013 років.