Село Микільське знаходиться на лівому березі річки Комишувата Сура, яка через 3 км впадає в річку Мокра Сура, вище за течією на відстані 1,5 км розташоване село Новогригорівка (нежиле), нижче за течією на відстані 1,5 км розташоване село Трудолюбівка, на протилежному березі — село Привільне. Поруч проходить залізниця, платформа 257 км за 0,5 км.