Народився 3 квітня1996 року в місті Лос-Паласіос-і-Вільяфранка. У 2004 році, у віці восьми років, футболіст приєднався до молодіжної команди клубу «Реал Бетіс», покинувши футбольну школу «Лас-Паласьос» зі свого рідного міста[1]. У липні 2014 року Фабіан був підвищений до резервної команди «Реал Бетіс Б»[2] і дебютував за неї 21 вересня в Сегунді Б, вийшовши на заміну у другому таймі в домашньому матчі проти «Марбельї» (1:4)[3].
13 грудня Фабіан провів свій перший поєдинок за основну команду, замінивши Хаві Торреса на 51-й хвилині в матчі Сегунди проти «Луго» (1:0)[4]. Він з'явився в шести матчах протягом сезону і вийшов разом зі своєю командою у Ла Лігу. Фабіан дебютував у вищому дивізіоні іспанського футболу 23 серпня 2015 року, замінивши Альфреда Н'Діайє у домашньому матчі проти «Вільярреала» (1:1)[5].
23 грудня наступного року він продовжив свій контракт до 2019 року, після чого перейшов на правах оренди в клуб Сегунди «Ельче»[6]. 17 березня 2017 року Фабіан забив свій перший гол на професійному рівні, відкривши рахунок у матчі проти «Хімнастіка» (3:1). За підсумками сезону він провів 18 матчів за «Ельче» і не зміг допомогти команді зберегти місце в Сегунді.
Повернувшись 2017 року до рідної команди Руїс став основним гравцем у нового тренера «біло-зелених» Кіке Сетьєна, зігравши у 34 іграх чемпіонату, і допоміг команді зайняти 6-те місце та кваліфікуватись до Ліги Європи.
5 липня 2018 року Фабіан Руїс став гравцем італійського «Наполі»[7]. Контракт був підписаний на 5 років, зарплата Фабіана в «Наполі» склала 2,5 млн євро в рік. За неофіційними даними, сума трансферу склала 30 млн євро[8]. У першому сезоні відіграв за неаполітанську команду 27 матчів в національному чемпіонаті і допоміг їй стати віце-чемпіоном Італії.